In der 1697 neu aufgebauten Klosteranlage spiegelt sich die innere Klosterstruktur mit den beiden Rechtsinstitutionen Abt (Prälatur) und Mönchsgemeinschaft (Konvent). Westlich der Prälatur mit seinen Repräsentationsräumen und dem Prälatenhof befindet sich, abgetrennt vom Novizengarten, der Konvent mit dem Konventsgarten. In ihm ist heute das Internat untergebracht. Die Prälatur wird seit der Säkularisierung als Schloss bezeichnet.
In den äußeren Wirtschaftsgebäuden arbeiteten die braun gekleideten Konversen, die Laienbrüder, eine Arbeit, die die Mönche überwachten und zu der sie wegen ihrer liturgischen Arbeit und ihres Studiums kaum mehr kamen. Jene betrieben die klösterliche Eigenwirtschaft und erbrachten die Erträge für die Sozialfürsorge: Krankenpflege, Armen- und Waisenunterstützung.
Die zentralen Räume des Konventsgebäude dienten der mönchischen Klausur, dem äußeren Rückzug und der inneren einzelnen und gemeinsamen Besinnung (lat. claudere = schließen). Sie sind nur ihnen zugänglich. Zur Klausur gehören Dormitorium (Schlafsaal) bzw. Zellengang und Zellen, Refektorium (Speiseraum), Kreuzgang, Chor und Kapitelsaal, dem einzigen Ort, wo gesprochen werden durfte. Mit Ausnahme der Aula durfte nurbei zwei Kreuzstöcken in den Gängen das Nötigste mit einem Bruder besprochen werden. Allerdings entwickelten die Salemer eine Zeichensprache.
Der Tagesablauf war für den Konvent streng geregelt.
Tag und Nacht waren alle drei Stunden durch die acht Gebete in Form des Psalmengesangs, Matutin, Laudes, Prim, Terz, Sext, Non, Vesper und Complet, gegliedert. Zwischen diesen liturgischen Pflichten wurde gearbeitet, studiert und gegessen bei wenig Freizeit.
Zwischen Nachtexamen und nächtlichem Gebets- und Lesegottesdienst herrschte striktes Silentium.
Jeden Mittwoch und an Feiertagen war nach der Prim (Chorgebet zur ersten Stunde des Tages) Kapitelversammlung.
